DNAMAN

 

Lynnon Biosoft為世界生物科學(xué)和非信息科學(xué)的研究和開發(fā)平臺(tái)開發(fā)了激動(dòng)人心的生物軟件。我們的產(chǎn)品，DNAMAN軟件包，為序列分析和數(shù)據(jù)挖掘提供了一個(gè)有效的工具包。

 

什么是DNAMAN？

DNAMAN是一個(gè)面向分子生物學(xué)應(yīng)用的軟件包。該軟件包為高效序列分析提供了一個(gè)功能多樣的集成系統(tǒng)。您不再需要一個(gè)程序來(lái)進(jìn)行限制性分析，而需要其他程序進(jìn)行多序列比對(duì)、設(shè)計(jì)PCR引物、蛋白質(zhì)序列分析或繪制質(zhì)粒。。。DNAMAN為您完成所有這些任務(wù)。

 

DNAMAN的速度、多功能性、精確性和高質(zhì)量的演示使其成為每個(gè)分子生物學(xué)家可以依賴的基本工具之一。DNAMAN是眾多同行評(píng)議的科學(xué)期刊中被高度引用的序列分析軟件。它也是一個(gè)序列分析軟件包，每個(gè)大學(xué)、研究機(jī)構(gòu)、實(shí)驗(yàn)室和研究科學(xué)家都能負(fù)擔(dān)得起價(jià)格。

 

DNAMAN可用于Microsoft Windows、OSX和Linux。三種平臺(tái)上的DNAMAN文件共享相同的格式。DNAMAN的通用格式系統(tǒng)方便了Windows、Mac OSX和Linux之間的通信，使您的工作平臺(tái)獨(dú)立。

 

亮點(diǎn)

• 發(fā)布DNAMAN Version 10
• 綠色承諾：DNAMAN實(shí)現(xiàn)無(wú)紙化——所有軟件產(chǎn)品通過(guò)互聯(lián)網(wǎng)交付
• 提供學(xué)生價(jià)格
• 發(fā)布DNAMAN for Linux
• 發(fā)布適用于Mac OSX的DNAMAN

 

DNAMAN Version 10

 

特點(diǎn)	DNAMAN X	DNAMAN XL
序列編輯與轉(zhuǎn)換 支持GenBank、FASTA、GFF等文件	是	是
使用命令行和腳本進(jìn)行序列轉(zhuǎn)換	否	是
多序列比對(duì) 支持ClustalW、GCG、GDE等文件	是	是
使用命令行和腳本進(jìn)行多重對(duì)齊	否	是
順序組裝 具有圖形界面的快速對(duì)齊算法	是	是
帶命令行和腳本的序列匯編	否	是
PCR引物設(shè)計(jì) 圖形界面優(yōu)化選擇	是	是
批處理和腳本	否	是
序列數(shù)據(jù)庫(kù) Sqlite3數(shù)據(jù)庫(kù)引擎	是	是
支持MySQL和Microsoft SQL server	否	是
DNA限制性分析 直觀的用戶界面和可定制的酶數(shù)據(jù)庫(kù)	是	是
使用命令行和腳本進(jìn)行限制分析	否	是
成對(duì)序列分析與點(diǎn)圖	是	是
DNA/RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)分析	是	是
序列搜索與爆炸分析	是	是
系統(tǒng)發(fā)育分析	是	是
蛋白質(zhì)序列分析	是	是
蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)	是	是
翻譯/反向翻譯/密碼子優(yōu)化	是	是
寡核苷酸序列分析	是	是
序列注釋和傳輸	是	是
批處理和通用腳本	否	是
自定義菜單命令	否	是
高級(jí)支持服務(wù) 提供深度知識(shí)，24小時(shí)響應(yīng)	否	是

 

DNAMAN :序列分析集成系統(tǒng)

 

 

Windows、OSX和Linux上的DNAMAN桌面

 

DNAMAN for Windows

DNAMAN for OSX

 

DNAMAN for Linux

 

序列處理和轉(zhuǎn)換

 

順序輸入

DNAMAN序列是用關(guān)鍵字格式化的純文本文件。該程序接受其他常見的序列格式，如GenBank、GCG、CUSTAL、FASTA、PIR和GDE。DNAMAN利用序列通道將活動(dòng)序列保存在內(nèi)存中以實(shí)現(xiàn)快速計(jì)算。數(shù)據(jù)庫(kù)也可用于幫助組織特定研究項(xiàng)目的序列。所有三個(gè)序列輸入接口都可以在DNAMAN桌面上訪問(wèn)。

 

序列合成與轉(zhuǎn)換

DNAMAN使用簡(jiǎn)單的下拉菜單命令報(bào)告序列組成和分子量。它可以將一個(gè)序列轉(zhuǎn)換為它的反向、互補(bǔ)、反向互補(bǔ)、雙鏈和RNA序列。

 

序列搜索

DNAMAN提供了序列搜索和比較的工具，包括核苷酸或氨基酸序列、一致序列、開放閱讀框、重復(fù)序列。小干擾RNAs (siRNAs)選擇工具可用于提高siRNA設(shè)計(jì)的質(zhì)量。用戶可以在DNAMAN程序中對(duì)NCBI數(shù)據(jù)庫(kù)或其他基于網(wǎng)絡(luò)的序列服務(wù)器執(zhí)行BLAST搜索。

 

約束分析

DNAMAN為DNA序列的限制性分析提供了直觀的接口。結(jié)果可顯示為文本、限制性圖譜和限制性模式（瓊脂糖凝膠）。其他工具包括電子克隆、從片段重建限制性圖譜、沉默突變和定向錯(cuò)配。

 

順序組裝

DNAMAN使用快速和精確的對(duì)齊算法來(lái)組裝大量的序列。跟蹤文件可直接用于程序集。SNP可以通過(guò)組裝序列集進(jìn)行驗(yàn)證。

 

序列同源性分析

 

點(diǎn)陣圖

大序列可以在DNAMAN中用點(diǎn)圖分析同源區(qū)域。感興趣的序列區(qū)域可以放大并直接對(duì)齊。

 

雙序列比對(duì)

DNAMAN提供了許多快速或優(yōu)化的算法來(lái)對(duì)齊兩個(gè)DNA或蛋白質(zhì)序列。

 

多序列比對(duì)

DNAMAN使用ClustalW算法（Feng Doolittle和Thompson）進(jìn)行最優(yōu)對(duì)準(zhǔn)，而全局對(duì)準(zhǔn)算法（Wilbur和Lipman）用于快速對(duì)準(zhǔn)。DNAMAN中的三種最佳對(duì)準(zhǔn)方式提供了高質(zhì)量的對(duì)準(zhǔn)結(jié)果。使用快速比對(duì)方法，您可以快速對(duì)齊大量的DNA或蛋白質(zhì)序列?？梢栽诙鄬?duì)齊序列編輯器中進(jìn)一步修改或調(diào)整對(duì)齊方式。

 

系統(tǒng)發(fā)育分析

DNAMAN使用常用算法計(jì)算同源矩陣，并在所有序列對(duì)之間建立相關(guān)距離。它可以生成距離矩陣，并從多個(gè)比對(duì)中繪制系統(tǒng)進(jìn)化樹或同源樹。Bootstrapping分析可用于系統(tǒng)發(fā)育樹的置信值。

 

引物分析

 

PCR引物設(shè)計(jì)

DNAMAN為PCR引物選擇提供了許多控制標(biāo)準(zhǔn)。您可以通過(guò)設(shè)置目標(biāo)DNA的區(qū)域、PCR產(chǎn)物的大小、引物特性、反應(yīng)條件和引物配置來(lái)優(yōu)化引物篩選。

 

其他功能

寡引物可以分析熔融溫度、互補(bǔ)性、錯(cuò)配、沉默突變和定向錯(cuò)配。

 

蛋白質(zhì)序列分析

DNAMAN為蛋白質(zhì)序列分析提供了多種工具，包括從兩個(gè)DNA起始的所有六個(gè)閱讀框中進(jìn)行翻譯、遺傳密碼表的變化、閱讀框架概述、密碼子使用分析、氨基酸組成、親水性曲線、電荷和π分析、二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)和反向翻譯。

 

DNAMAN數(shù)據(jù)庫(kù)管理

DNAMAN使用標(biāo)準(zhǔn)關(guān)系數(shù)據(jù)庫(kù)引擎Sqlite3來(lái)管理DNA/蛋白質(zhì)序列和寡核苷酸序列。

 

LBdraw：為分子生物學(xué)家而設(shè)計(jì)的

 

用于Windows的內(nèi)置DNAMAN互聯(lián)網(wǎng)/內(nèi)網(wǎng)瀏覽器

DNAMAN提供了一個(gè)集成的網(wǎng)絡(luò)瀏覽器來(lái)訪問(wèn)互聯(lián)網(wǎng)或內(nèi)網(wǎng)。

 

您可以從瀏覽器加載序列進(jìn)行直接分析。

 

您也可以使用互聯(lián)網(wǎng)上的服務(wù)器。

 

常見問(wèn)題解答

 

我在我的研究項(xiàng)目中使用了DNAMAN。我如何在我的出版物中引用？

我們非常感謝您引用DNAMAN序列分析軟件。請(qǐng)看看DNAMAN是如何在同行評(píng)議的期刊上引用的。

 

什么是Home & Student許可證？我可以購(gòu)買這個(gè)版本而不是單一用戶許可證嗎？

DNAMAN Home & Student許可證適用于學(xué)生（包括畢業(yè)生、博士和博士后），他們希望將該計(jì)劃用于與分子生物學(xué)和生物信息學(xué)相關(guān)的學(xué)?；蚣彝ロ?xiàng)目。Home & Student版提供了與DNAMAN其他版本相同的功能。如果您打算使用DNAMAN來(lái)推進(jìn)學(xué)術(shù)或工業(yè)應(yīng)用的研究項(xiàng)目，您可能不會(huì)購(gòu)買此版本。

 

如何手動(dòng)更新DNAMAN for Windows？

使用Windows Explorer瀏覽DNAMAN程序文件夾（通常為C:\program Files（X86）\DNAMAN）。找到文件LBUpdate.exe文件然后右鍵單擊它。Windows將顯示一個(gè)上下文菜單并選擇“Run as Administrator”。DNAMAN將檢查L(zhǎng)ynnon網(wǎng)站上可用的更新，并將自己更新到您的許可版本的最新版本。

 

如何手動(dòng)更新DNAMAN for OSX？

打開終端窗口并發(fā)出命令：sudo/Applications/DNAMAN/lcupdate。系統(tǒng)將要求您輸入密碼并輸入密碼。DNAMAN將檢查L(zhǎng)ynnon網(wǎng)站上可用的更新，并將自己更新到您的許可版本的最新版本。

 

我已經(jīng)下載了DNAMAN演示文件。現(xiàn)在我下一步該怎么辦？

找到下載的文件（通常在Downloads文件夾中）并雙擊它開始程序安裝。按照屏幕上的說(shuō)明完成設(shè)置。

 

在安裝DNAMAN演示程序時(shí)，我被要求輸入用戶名和序列號(hào)。

選中“設(shè)置為演示”選項(xiàng)，不要在用戶名和序列號(hào)字段中輸入信息。

 

DNAMAN顯示評(píng)估期已過(guò)期。如何繼續(xù)使用該軟件？

DNAMAN演示版在安裝后有45天的試用期。免費(fèi)試用期過(guò)后，您可能無(wú)法使用DNAMAN演示版。重新安裝演示版不會(huì)延長(zhǎng)試用期。如果您希望繼續(xù)使用DNAMAN，請(qǐng)聯(lián)系Lynnon Biosoft購(gòu)買適當(dāng)?shù)脑S可證。

 

我已經(jīng)在我的計(jì)算機(jī)上安裝了DNAMAN程序，但我不知道如何使用它。

如果您是第一次使用DNAMAN，您可以按照以下說(shuō)明進(jìn)行操作。

要執(zhí)行序列分析：

1. 選擇File | Open菜單。
2. 從“Open File”對(duì)話框中選擇“Example1文件”。單擊“Open”按鈕。
3. 選擇Restriction | Restriction Analysis菜單，對(duì)Example1進(jìn)行約束分析。
4. 限制性分析后，選擇Protein | Translation菜單將Example1翻譯成氨基酸序列。

 

要繪制無(wú)順序的限制地圖，請(qǐng)執(zhí)行以下操作：

選擇“Restriction | Draw Map”菜單。在限制圖窗口中繪制質(zhì)粒圖。雙擊窗口以顯示地圖屬性并進(jìn)行修改。

 

提示：通過(guò)拖放可以移動(dòng)限制地圖中的所有對(duì)象。選擇限制站點(diǎn)和文本對(duì)象時(shí)，可以將它們對(duì)齊。

 

DNAMAN能處理的最大序列是什么？

理論上，DNAMAN可以處理高達(dá)2千兆堿基（2x109）的序列。真正的限制是計(jì)算機(jī)的能力和資源。我們已經(jīng)用10兆堿基序列對(duì)程序進(jìn)行了測(cè)試，用于限制分析和序列搜索。多重比對(duì)和序列組裝的功能在序列處理中有不同的局限性。

 

多重比對(duì)的局限性是什么？

最多可以使用32000個(gè)序列，最大長(zhǎng)度為64000個(gè)堿基。同樣，限制是計(jì)算機(jī)的能力和資源。我們已經(jīng)成功地將約300個(gè)氨基酸的1000個(gè)序列與該程序進(jìn)行了比對(duì)。

 

序列組裝的局限性是什么？

您可以使用多達(dá)32000個(gè)DNA片段，最大長(zhǎng)度為1千兆堿基。同樣，限制是計(jì)算機(jī)的能力和資源。我們用這個(gè)程序成功地組裝了5000個(gè)序列，大約有2000個(gè)堿基。

 

Windows和OSX DNAMAN版本之間的主要區(qū)別是什么？

DNAMAN for Windows有一個(gè)集成的Web瀏覽器，Mac OSX版本沒有。DNAMAN for Windows包括一個(gè)繪圖程序LBDraw，但是Mac OSX版本沒有。

 

我可以使用DNAMAN中的其他程序嗎？

是的，您可以。使用“File | Run”菜單啟動(dòng)程序。有一個(gè)選項(xiàng)可以在DNAMAN桌面上顯示結(jié)果。

 

DNAMAN瀏覽器的作用是什么？我可以用我最喜歡的瀏覽器代替集成的嗎？

DNAMAN瀏覽器設(shè)計(jì)用于瀏覽外網(wǎng)或內(nèi)網(wǎng)上的序列和數(shù)據(jù)庫(kù)，并直接用于分析。通過(guò)選擇“Info | Settings”菜單，您可以選擇使用您最喜愛的瀏覽器。

 

DNAMAN的哪些功能是多線程的？為什么？

多線程函數(shù)將繁重的計(jì)算任務(wù)分成并行運(yùn)行。多線程DNAMAN是多線程對(duì)齊。您可以同時(shí)啟動(dòng)多達(dá)16個(gè)多重對(duì)齊進(jìn)程。序列組裝功能也是線程化的。從多個(gè)路線生產(chǎn)樹木也屬于這一類。