DNAMAN 常見(jiàn)問(wèn)題解答

 

 

我在我的研究項(xiàng)目中使用了DNAMAN。我如何在我的出版物中引用？

我們非常感謝您引用DNAMAN序列分析軟件。請(qǐng)看看DNAMAN是如何在同行評(píng)議的期刊上引用的。

 

什么是Home & Student許可證？我可以購(gòu)買這個(gè)版本而不是單一用戶許可證嗎？

DNAMAN Home & Student許可證適用于學(xué)生（包括畢業(yè)生、博士和博士后），他們希望將該計(jì)劃用于與分子生物學(xué)和生物信息學(xué)相關(guān)的學(xué)?；蚣彝ロ?xiàng)目。Home & Student版提供了與DNAMAN其他版本相同的功能。如果您打算使用DNAMAN來(lái)推進(jìn)學(xué)術(shù)或工業(yè)應(yīng)用的研究項(xiàng)目，您可能不會(huì)購(gòu)買此版本。

 

如何手動(dòng)更新DNAMAN for Windows？

使用Windows Explorer瀏覽DNAMAN程序文件夾（通常為C:\program Files（X86）\DNAMAN）。找到文件LBUpdate.exe文件然后右鍵單擊它。Windows將顯示一個(gè)上下文菜單并選擇“Run as Administrator”。DNAMAN將檢查L(zhǎng)ynnon網(wǎng)站上可用的更新，并將自己更新到您的許可版本的最新版本。

 

如何手動(dòng)更新DNAMAN for OSX？

打開(kāi)終端窗口并發(fā)出命令：sudo/Applications/DNAMAN/lcupdate。系統(tǒng)將要求您輸入密碼并輸入密碼。DNAMAN將檢查L(zhǎng)ynnon網(wǎng)站上可用的更新，并將自己更新到您的許可版本的最新版本。

 

我已經(jīng)下載了DNAMAN演示文件。現(xiàn)在我下一步該怎么辦？

找到下載的文件（通常在Downloads文件夾中）并雙擊它開(kāi)始程序安裝。按照屏幕上的說(shuō)明完成設(shè)置。

 

在安裝DNAMAN演示程序時(shí)，我被要求輸入用戶名和序列號(hào)。

選中“設(shè)置為演示”選項(xiàng)，不要在用戶名和序列號(hào)字段中輸入信息。

 

DNAMAN顯示評(píng)估期已過(guò)期。如何繼續(xù)使用該軟件？

DNAMAN演示版在安裝后有45天的試用期。免費(fèi)試用期過(guò)后，您可能無(wú)法使用DNAMAN演示版。重新安裝演示版不會(huì)延長(zhǎng)試用期。如果您希望繼續(xù)使用DNAMAN，請(qǐng)聯(lián)系Lynnon Biosoft購(gòu)買適當(dāng)?shù)脑S可證。

 

我已經(jīng)在我的計(jì)算機(jī)上安裝了DNAMAN程序，但我不知道如何使用它。

如果您是第一次使用DNAMAN，您可以按照以下說(shuō)明進(jìn)行操作。

要執(zhí)行序列分析：

1. 選擇File | Open菜單。
2. 從“Open File”對(duì)話框中選擇“Example1文件”。單擊“Open”按鈕。
3. 選擇Restriction | Restriction Analysis菜單，對(duì)Example1進(jìn)行約束分析。
4. 限制性分析后，選擇Protein | Translation菜單將Example1翻譯成氨基酸序列。

 

要繪制無(wú)順序的限制地圖，請(qǐng)執(zhí)行以下操作：

選擇“Restriction | Draw Map”菜單。在限制圖窗口中繪制質(zhì)粒圖。雙擊窗口以顯示地圖屬性并進(jìn)行修改。

 

提示：通過(guò)拖放可以移動(dòng)限制地圖中的所有對(duì)象。選擇限制站點(diǎn)和文本對(duì)象時(shí)，可以將它們對(duì)齊。

 

DNAMAN能處理的最大序列是什么？

理論上，DNAMAN可以處理高達(dá)2千兆堿基（2x109）的序列。真正的限制是計(jì)算機(jī)的能力和資源。我們已經(jīng)用10兆堿基序列對(duì)程序進(jìn)行了測(cè)試，用于限制分析和序列搜索。多重比對(duì)和序列組裝的功能在序列處理中有不同的局限性。

 

多重比對(duì)的局限性是什么？

最多可以使用32000個(gè)序列，最大長(zhǎng)度為64000個(gè)堿基。同樣，限制是計(jì)算機(jī)的能力和資源。我們已經(jīng)成功地將約300個(gè)氨基酸的1000個(gè)序列與該程序進(jìn)行了比對(duì)。

 

序列組裝的局限性是什么？

您可以使用多達(dá)32000個(gè)DNA片段，最大長(zhǎng)度為1千兆堿基。同樣，限制是計(jì)算機(jī)的能力和資源。我們用這個(gè)程序成功地組裝了5000個(gè)序列，大約有2000個(gè)堿基。

 

Windows和OSX DNAMAN版本之間的主要區(qū)別是什么？

DNAMAN for Windows有一個(gè)集成的Web瀏覽器，Mac OSX版本沒(méi)有。DNAMAN for Windows包括一個(gè)繪圖程序LBDraw，但是Mac OSX版本沒(méi)有。

 

我可以使用DNAMAN中的其他程序嗎？

是的，您可以。使用“File | Run”菜單啟動(dòng)程序。有一個(gè)選項(xiàng)可以在DNAMAN桌面上顯示結(jié)果。

 

DNAMAN瀏覽器的作用是什么？我可以用我最喜歡的瀏覽器代替集成的嗎？

DNAMAN瀏覽器設(shè)計(jì)用于瀏覽外網(wǎng)或內(nèi)網(wǎng)上的序列和數(shù)據(jù)庫(kù)，并直接用于分析。通過(guò)選擇“Info | Settings”菜單，您可以選擇使用您最喜愛(ài)的瀏覽器。

 

DNAMAN的哪些功能是多線程的？為什么？

多線程函數(shù)將繁重的計(jì)算任務(wù)分成并行運(yùn)行。多線程DNAMAN是多線程對(duì)齊。您可以同時(shí)啟動(dòng)多達(dá)16個(gè)多重對(duì)齊進(jìn)程。序列組裝功能也是線程化的。從多個(gè)路線生產(chǎn)樹(shù)木也屬于這一類。